Благополучие краснокнижных видов животных напрямую зависит от среды их обитания. Чем лучше защищены животные, тем выше вероятность их выживания. Такие условия можно обеспечить только на особо охраняемых природных территориях (ООПТ): в заповедниках, в национальных парках, в заказниках и экологических коридорах. Одной из главных задач WWF в Амурском экорегионе является создание ООПТ. Делается это по-разному. Иногда Фонд выступает инициатором и финансирует экспертов для подготовки эколого-экономического обоснования новой территории. Чаще специалисты Фонда сами организуют экспедиции, готовят материалы, проводят общественные слушания и доводят документы до стадии подписания постановления о создании. Партнерами в этой работе являются дирекции по ООПТ в регионах, управления охотнадзора, Минприроды России, общественные организации и научные учреждения.

За 20 лет в Амурском экорегионе при поддержке и непосредственном участии Фонда создано пять национальных парков, два заповедника и расширены три заповедника, два федеральных заказника, четыре экологических коридора, один комплекс водно-болотных угодий и созданы и расширены 29 региональных заказников.

Интересный факт: до 1994 г., до открытия офиса WWF во Владивостоке, в пяти субъектах Амурского экорегиона было создано 8 млн 400 тыс. га ООПТ разного уровня, что составляло 4,7% от всей территории экорегиона. Наиболее успешными были 1963 г., когда появились сразу четыре заповедника и десять региональных заказников, и начало восьмидесятых годов. В 1994-2014 гг. государством создано всего 1 млн 948 тыс. га (1,09%) ООПТ. А по инициативе и при непосредственной поддержке WWF — 5 млн 413 тыс. га ООПТ. Сегодня общая площадь ООПТ в Амурском экорегионе — 15 млн 783 тыс. га, что составляет 8,8% от всей территории.

С начала 2000-х годов началось непрерывное реформирование системы ООПТ. Фонду пришлось в прямом смысле спасать региональные заказники. До реформ все региональные ООПТ были под контролем Управления охотнадзора. Потом функции разделили. Управления стали контролировать только охотугодья общего пользования, а для работы в заказниках начали создавать отдельные структуры. Как всегда происходит в таких случаях, администрации регионов тут же попробовали уволить людей, сократить число заказников, уменьшить финансирование, лишить вновь создаваемые структуры полномочий. Четыре года WWF писал письма во все инстанции, защищая заказники, организовывал совещания, семинары по обмену опытом. Сформировалась Дирекции по ООПТ, новые структуры, которым Фонд оказал и стартовую финансовую поддержку. Совместными усилиями удалось сохранить все региональные заказники.